SMK Kristen 2 Klaten didirikan pada tanggal 2 Januari tahun 1967 Oleh Yayasan Pendidikan Kristen Klaten dengan SK Pendidirian dari Yayasan Pendidikan Kristen No. 184/C.1/XII/67 tanggal 22 Desember 1967.
Dengan akte Pendirian dari Pemerintah Provinsi No. Pujursus/UPE/swt/030/69 tanggal 18 Agustus tahun 1969 dengan Nama SMEA Kristen Klaten berkedudukan di Jalan Raya Selatan No 52 Klaten.
No terdaftar : Swt – 030/69
Tanggal Pembukaan 1 Januari 1968
dan mendapat Izin Operasional pada tahun 1974 Nomor Izin Operasional : A-75/B/019 tanggal 15 Desember 1974
Pada Tahun 1990 SMEA Kristen Klaten berubah nama menjadi SMEA Kristen 1 Klaten Karena pada Tahun 1990 SPG Kristen Klaten beralih fungsi Menjadi SMEA dengan Nama SMEA Kristen 2.sehingga pada tahun tersebut YPK Klaten memiliki 2 SMEA
Selanjutnya berdasarkan Surat Edaran Sekjen Depdikbud No. 410007/A.A5/OT/1997 perihal tindak lanjut Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No 034.035 dan 036/O/1997 tentang perubahan nomenklatur SMP menjadi SLTP, SMA Menjadi SMU dan SMKTA Menjadi SMK. Maka pada tahun 1997 SMEA Kristen 1 Klaten berubah nammanya menjadi SMK Kristen 2 Klaten berkedudukan di Jln Dr. Wahidin Sudiro Husodo No 42 Klaten
Berikut nama Kepala Sekolah dari pertama sampai sekarang ( th 2018 )
| No | TAHUN | NAMA |
| 1 | 1968 – 1974 | Harsono, BA |
| 2 | 1974 – 1996 | S Dwijo Harseno, BA |
| 3 | 1996 – 2000 | Mulyadi, BA |
| 4 | 2000 – 2001 | Sukandar, BA |
| 5 | 2001 – 2010 | Drs. Sutomo Wardoyo |
| 6 | 2010 – 2012 | Th. Retno Widyastuti, S.Pd |
| 7 | 2012 – 2022 |
Dra. Kristiana Karyawati |
| 8 | 2012 – 2024 |
Sugiyarta, S.Pd. |
| 9 | 2025 – Sekarang | Dra. Nugraheni Pawestri |